Sembra che l’iPod shuffle possa avere anche altri problemi, oltre alle difficoltà ad entrare in alcune porte USB, nonostante non abbia una stazza così imponente: Apple segnala che il nuovo dispositivo potrebbe non leggere file audio creati da applicazioni diverse da iTunes. L’unica soluzione disponibile è usare iTunes. I file acquistati da iTunes Music Store non presentano questo problema.